O Programa de Pós-Graduação em Oceanografia (PPGOC) conta com os seguintes laboratórios para o desenvolvimento das suas atividades:
Laboratório de Geologia Oceânica (LGO): o laboratório funciona no Instituto de Geociências (IG) para desenvolver atividades voltadas para as Ciências do Mar.
Laboratório de Pesquisa em Monitoramento Ambiental Marinho (LAPMAR): o laboratório está localizado no Instituto de Geociências (IG), possui uma área física de aproximadamente 760 m², subdivididos em salas destinadas a diferentes atividades analíticas de pesquisa e ensino, além de sala multiusuário para realização de aulas teóricas, reuniões, videoconferências, com capacidade para atender 15 discentes.
Laboratório de Oceanografia Biológica (LOB): o laboratório está inserido nos espaços do Instituto de Geociências (IG) e funciona para atividades de extração de micro e macroinvertebrados pelagiais e bentônicos; identificação, estimativa numérica e dados morfométricos de organismos zooplanctônicos e macrobentônicos com uso de microscópios e estereomicroscópios.
Laboratório de Oceanografia Costeira e Estuarina (LOCE): o laboratório faz parte do Instituto de Estudos Costeiros (IECOS) e desenvolve atividades de tratamentos de dados e de amostras de pesquisas oceanográficas biológicas, físico-químicas e geológicas.
Laboratório de Oceanografia Física (LOF): o laboratório é vinculado ao Instituto de Geociências (IG) e nele são desenvolvidas atividades de monitoramento de parâmetros físicos (ondas e marés, temperatura do ar, direção e velocidade do vento, pressão atmosférica, umidade relativa do ar) e precipitação.
Laboratório de Oceanografia Geológica (LABOGEO): o laboratório funciona no Instituto de Geociências (IG) para as seguintes atividades: análises granulométricas de amostras de sedimentos, quantificação de matéria orgânica associada ao sedimento, testemunhos de ambientes costeiros e marinhos, dados topográficos e hidrodinâmicos destes ambientes.
Laboratório de Oceanografia Química (LOQ): o laboratório integra o espaço do Instituto de Geociências (IG) e funciona para atividades de preparo, conservação e de análise de amostras de águas naturais e sedimentos.